Henning Bliddal blev læge i 1978, dr.med. i 1986 og speciallæge i 1987.
I 1991 blev han overlæge i reumatologi på Københavns Kommunehospital, og fra 1997 overlæge og forskningsprofessor på Frederiksberg Hospital, hvor han sammen med Bente Danneskiold-Samsøe har opbygget Parker Instituttet, fra 2011 med HB som chef. 
HB var i 15 år hovedunderviser og kursusleder ved uddannelsen til speciallæge i reumatologi og er sagkyndig i Retslægerådet. HB har bedømt professorater i ind-og udland, ph.d. og disputatser. På Parker Instituttet er HB vejleder for ph.d.studerende og igangsætter af forskningsprojekter. 
Ud over kapitler til lærebøger i reumatologi har HB været medforfatter til over 400 artikler med peer-review og har holdt foredrag ved kongresser og faglige møder nationalt og internationalt. HB modtog 2022  Lifetime Achievement Award fra Osteoarthritis Research Society International 

HB har været formand for Sundhedsstyrelsens udvalg til udarbejdelse af nationalt program for behandling af knæartrose og blev 2010 professor i reumatologi med artrose som specielt forskningsfelt ved Københavns Universitet. HBs forskningsresultater har ført til, at RegionH har oprettet Artroseambulatoriet hørende til Parker Instituttet og med HB som chef. Dette ambulatorium er som det foreløbigt eneste i Danmark målrettet ikke-kirurgisk behandling af artrose.​