Den behandlingseffekt, man finder i studier, som er udført i et kontrolleret miljø, skal også kunne findes i den virkelige verden, hvor patienter er forskellige og har mange sygdomme samtidigt 
Derfor forsker vi på CKFF bredt i lægemidler og behandlinger, som de bruges i praksis. Vi skaber viden om lægemidlers effekt og sikkerhed, hensigtsmæssig brug af lægemidler og sundhedsøkonomiske aspekter af lægemiddelbrug. Vi kigger også på behandlingers bivirkninger, ulighed i behandling og behandlingers sammenhæng med andre aspekter, fx uddannelse og beskæftigelse. I arbejdet trækker vi på centrets dybdegående indsigt i de danske sundhedsregistre, og vi er specialister i at samle data fra forskellige datakilder, drage viden fra disse og anvender dette til at overfører software og viden fra et medicinsk område til et andet. Denne systematisk måde at arbejde på er udviklet i vores enhed Copenhagen Phase IV unit. 

Indenfor det psykiatriske felt har vi forskergrupper, som forsker i så forskellige emner som forekomst, effekt og afhængighed af forskellige behandlinger af depression, ECT-behandling, betydning af genetiske og miljømæssige faktorer på depression, og socioøkonomiske forskelle i dødelighed hos patienter med depression. Ligeledes har vi en forskergruppe som arbejder indenfor alkohol-forårsagede sygdomme. 

Vores metoder spænder bredt
Vi gennemfører litteraturstudier, vi udfører registerbaserede studier og studier med data fra befolkningsundersøgelser samt med data fra patientjournaler. Vi gennemfører også spørgeskemaundersøgelser og interventionsstudier og arbejder i hele spektret fra at identificere uafdækkede medicinske behov til kliniske lodtrækningsforsøg og til at undersøge effekt og sikkerhed efter markedsføring af lægemidler og implementering af behandlinger. 

Vi samarbejder med og leverer viden til bl.a. medicinalindustrien og myndigheder,​​ kliniske afdelinger, andre nationale og internationale kommuner og regioner.